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Bioinformatique : Standardiser l'accès aux données des projets de génomique

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Pour faciliter l'accès à la quantité croissante d'informations issue des projets de génomique, la Commission européenne a lancé début février 2005 le réseau d'excellence « Embrace ». Doté d'un budget de 8,28 millions d'euros pour cinq ans, ce projet rassemble 17 partenaires de 11 pays. Les données bioinformatiques sont stockées dans des bases de données. Cependant, comme ces bases ne sont pas standardisées, la présentation des données est variable, tout comme les protocoles d'accès ou encore les algorithmes qui traitent les données brutes pour identifier les gènes ou prévoir leur fonction. Aussi, le projet Embrace a pour but de mettre en commun les données issues de la recherche. Un standard doit être défini, qui autorisera la consultation des données obtenues par des confrères. Par ailleurs, des logiciels permettront de travailler sur ces données. Pour relever ce défi, les partenaires feront appel à la technologie de grille, qui permet de mettre en réseau des ordinateurs afin de disposer d'une grande capacité de mémoire et de calcul. Cette grille sera basée sur les recherches menées entre 2001 et 2004 par le projet Datagrid, qui a démontré la faisabilité de ce type de structure. Aujourd'hui, Datagrid se prolonge via le projet Egee, qui met à la disposition de la communauté scientifique environ 10 000 processeurs sur plus de 80 sites répartis en Europe. Des logiciels de grille adaptés aux besoins de la bioinformatique ont été développés. Ainsi, le portail GPSA est dédié à l'analyse de séquences de protéines, Grips à la recherche de motifs dans les séquences de protéines et Rugbi à la prédiction des structures de protéines. Les partenaires du projet Embrace sont répartis en cinq groupes, chacun en charge d'une tâche particulière.
Le European Bioinformatics Institut (EBI), coordinateur d'Embrace, intégrera les bases de données et les algorithmes de référence à Embrace, afin que les biologistes puissent tout de suite commencer à s'en servir. Il s'agit par exemple de la base américaine Medline ou de la base suisse Swissprot. Le CNRS est responsable des choix et de la veille technologiques : il fera en sorte qu'Embrace bénéficie des dernières avancées en matière de grille et que les options retenues soient les mieux adaptées aux problématiques de la bioinformatique. L'université d'Uppsala, en Suède, testera la réponse d'Embrace à des
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questions typiques », par exemple : quels sont les gènes qui favorisent l'apparition des cancers ? Lors de ses mutations, le virus de l'hépatite C est-il devenu plus dangereux ? Enfin, l'université de Nijmegen, aux Pays-Bas, coordonnera la promotion de la grille auprès des chercheurs en biologie et leur formation, pour qu'ils y intègrent leurs données.

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